Узнав о штурме Динабурга, русское командование послало подкрепление: четыре запасных батальона пехоты и несколько эскадронов гусар. Но эти войска прибыли с опозданием: французы к этому времени уже ушли.
Командование приступило к организации отступления из города. Генерал Яшвиль смирился с необходимостью оставить крепость и отдал приказ генерал-майору Уланову о разрушении укреплений и отходе войск. Строения в мостовом укреплении были сожжены, все орудия, которые находились там и в крепости, были затоплены, за исключением 20 орудий, из которых только 6 были оставлены при батальонах, а остальные были отправлены в Псков. По мнению Яшвиля, никаких важных дел для Динабургского гарнизона не оставалось, кроме надзора за берегами Даугавы. Он писал 5 июля 1812 г. Витгенштейну, что «ежели неприятель в больших силах станет приближаться к мостовым укреплениям для занятия оного и другие будут делать покушения к переправе, нужно мне будет со всем Динабургским гарнизоном ретироваться».
Гарнизон приступил к эвакуации магазинов и подготовке к уничтожению того, что не могло быть вывезено. Яшвиль покинул гарнизон, передав командование коменданту Динабургской крепости генерал-майору Уланову 6 июля командующим гарнизоном и крепостью был назначен командир отдельного отряда, приданного корпусу Витгенштейна для прикрытия Динабурга, генерал-майор Гамен. Гарнизон в Динабурге был оставлен для наблюдения за передвижением неприятеля. Отряд Гамена численностью в 3 ООО человек завершил разрушение оборонительных сооружений. Разрушения были произведены основательные: кордегардия и артиллерийский цейхгауз в мостовом укреплении сожжены до основания, все лафеты истреблены и горжевая защита уничтожена, так что в случае обороны тыл со стороны реки не был обеспечен. Мост через Двину за исключением нескольких плотов был уничтожен, а сваи, удерживающие его, срублены. Узнав о приближении к Динабургу бригады Рикара из Х-го корпуса маршала Макдональда отряд Гамена ушел из крепости на Люцин, перекрывая Макдональду направление на Себеж.
20    июля солдаты из корпуса Макдональда под командованием генерала Рикара вступили в город. Вражеские войска, находившиеся на левом берегу Даугавы, переправились в Динабург на судах. Город был занят без боя. Французы здесь не проявили ни малейшей воинской доблести, а между тем занятие Динабурга расценивалось ими как значительная победа над русской армией.
Газета «Курьер Литевский», издававшаяся в Вильно и находившаяся под строгой французской цензурой, неоднократно восхваляла «победу» французских войск в Динабурге. В №61 за 1812 г. «Курьер Литевский» писал: «Динабургская крепость, над сооружением которой 10 ООО человек трудились почти два года, пала пред победителями, как стены Иерихона. Двина, укрепленные берега которой казались неприступными, в настоящее время течет среди французских отрядов так же, как Вилия и Неман». И в следующем номере газета писала: «Динабургская крепость - это плод двухлетних трудов 20 тысяч человек - пала в один день перед маршалом Макдональдом, герцогом Тарентским, овладевшим ею после непродолжительного боя».
Начались долгие пять месяцев французской оккупации Динабурга. Макдональд надолго задержался в Динабурге, не производя активных действий, ибо к 20 июля наступление корпуса маршала Удино на Петербург было уже сорвано и поддерживать с фланга было уже некого. Большой вклад в этот успех русской армии внесла героическая оборона Динабургской крепости 1-3 июля 1812 года.